口袋妖怪珍珠攻略一周目：
设置好昵称与好友昵称后游戏启动；下楼与母亲对话；离开家前往左上角带邮箱的房屋，与对手对话触发剧情；进入二楼对话后返回房屋；沿上方路线左行至心齐湖触发剧情；选择御三家宝可梦完成战斗；击败野生宝可梦后返回小镇触发剧情；回家获得跑步鞋，直奔右侧抵达真砂镇触发剧情；与博士对话领取图鉴，回家与母亲对话获得冒险笔记及宝可表、破旧鱼竿；从真砂镇上方前行至祝庆市，途中参与捕获教学；祝庆市内与黑板旁对手对话获取城镇地图；向祝庆市上方探索，与三位小丑对话答题正确后兑换宝可表（分别位于道具店旁、电视台门前、左侧宝可表公司门前）；祝庆市左侧218号道路与钓鱼大叔对话收获破旧鱼竿；黑金市道馆通过山洞黑金闸口，入口处领取招式学习器98“碎岩”，右侧出口到达黑金市；寻访黑金馆主，进入深处与红色安全帽人士对话开启道馆，挑战馆主瓢太取得煤炭徽章并学会招式学习器76“隐形岩”；黑金市道具店左侧房间可用腕力交换凯西；上层碎石开路至下层，右侧获取招式学习器70“闪光”；山谷发电厂经204号道路前往花苑镇，与左侧女孩对话获得可达鸭喷壶；与发电厂门前银河队对话进入战斗；返回花苑镇左上森林入口触发剧情，击败两名银河队成员获取发电厂钥匙；再次进入发电厂战胜干部伙星；发电厂员工提示周五飘飘球出现规律；百代市沿205号道路向上行，进入百代森林与芽米组队，右上抵达百代市；百代市宝可表中心上方遇竹兰赠送招式学习器93与“居合劈”；右侧房屋老人处领取探险套装并参与教学；商店右侧百代公寓小孩处可用泳圈鼬交换聒噪鸟；百代市道馆下方挑战馆主，依次击败四处隐藏训练师后挑战馆主，获胜后获得森林徽章与招式学习器86“打草结”，可使用居合劈砍伐树木；砍伐宝可表中心上方树木进入百代大楼顶层，击败银河队干部岁星救出自行车老板；前往人力自行车店领取自行车；迷幻洞窟选做任务从百代市下方206号道路骑行，右侧行至深处与红发妹子麦儿组队离开洞窟；家缘市沿207号道路遇主角获对战搜索器，右行穿越天冠山；208号道路下图NPC对话获楔石，右行至家缘市；宝可表发烧友俱乐部老人处获宝芬盒；华丽大赛会场与紫发馆主梅丽莎对话触发剧情，妈妈处领取礼裙；209号道路钓鱼大叔处对话获宝可表蛋与好钓竿；花岩怪选做任务在石井处使用楔石触发LV25宝可表岩怪捕捉；迷失塔获秘传“怪力”；随意镇获未知图腾贴纸；帷幕市道馆推动墙体至馆主前挑战获胜获铺石徽章与招式学习器60“吸取拳”；野原市道馆踩机关控制水位挑战获胜获湿地徽章与招式学习器55“盐水”；清除浓雾选做任务获招式学习器97“清除浓雾”；追踪银河队选做任务触发多场战斗终获秘传之药；神和镇遗迹对话触发战斗获招式学习器95与“冲浪”；家缘市道馆问答获遗迹徽章解锁冲浪与招式学习器65；水脉市获矿山徽章与招式学习器91“加农光炮”；湖之传说事件击败银河队干部与赤日获道具；雪峰市道馆溜冰破坏雪球挑战获胜获冰河徽章与招式学习器72“雪崩”；银河队钥匙选做任务解救宝可表获大师球；天冠山枪之柱神兽事件击败干部与赤日捕获帝牙卢卡或帕路奇亚获道具；三神兽选做任务捕获由克希、艾姆利多、亚克诺姆；滨海市道馆踩机关搭路挑战获胜获灯塔徽章与招式学习器57“充电光束”；宝可表联盟挑战四天王终战竹兰通关一周目。
口袋妖怪珍珠攻略二周目：
家中下楼母亲提醒雪峰市乘船任务；真砂镇遇小光获神和镇长老书籍；祝庆市宝可表公司社长处获取追加应用知悉三圣菇下落；家缘市绿色屋舍获伊布；立志湖洞穴捕获亚克诺姆；双叶镇心齐湖遇艾姆利多；睿智湖由克希完善图鉴；212道路绅士对战获聒噪鸟；野原市大湿地花费500遇乌波；真砂镇山梨博士研究所交谈获全国图鉴；百代森林夜晚8点触发洛托姆；雪峰市挑战最强训练师；生存区地震事件；隐泉之路归途洞窟捕捉骑拉帝纳；以上为完整二周目攻略。
